感染是由致病因子，它们的增殖以及宿主组织与传染因子及其产生的毒素的反应侵入生物体组织。[1][2]传染病，也称为传染性疾病或传染病，是由感染引起的疾病。感染由感染因子（病原体）引起，包括：病毒和相关药剂，如类病毒和朊病毒细菌真菌，进一步细分为：子囊菌，包括酵母如念珠菌，丝状真菌如曲霉菌，肺孢子虫和皮肤真菌，是一组引起人类皮肤和其他表面结构感染的生物。担子菌（Basidiomycota），包括人类致病属Cryptococcus寄生虫，通常分为单细胞生物（如疟疾，弓形虫，巴贝虫）大型寄生虫（蠕虫或寄生虫），包括线虫，如寄生蛔虫和pin虫，绦虫（绦虫）和吸虫（吸虫，如血吸虫病）节肢动物如蜱，螨，跳蚤和虱子也可引起人类疾病，其在概念上类似于感染，但这些巨型寄生虫对人体或动物体的侵入通常被称为侵染。（由寄生虫引起的疾病，也是巨型寄生虫，有时也被称为感染，但有时也被称为感染。）主人可以利用免疫系统对抗感染。哺乳动物宿主通过先天反应对感染做出反应，通常涉及炎症，然后是适应性反应。[3]用于治疗感染的特定药物包括抗生素，抗病毒药，抗真菌药，抗原虫药和抗蠕虫药。传染病导致年有万人死亡（约占所有死亡人数的17％）。[4]专注于感染的医学分支被称为传染病。[5]假彩色电子显微照片显示疟疾子孢子迁移通过大鼠的中肠上皮
目录1分类1.1亚临床与临床（潜伏与明显）1.2主要与机会主义1.3传染性与否1.4传染性1.5按解剖位置2症状和体征2.1细菌或病毒3病理生理学3.1定植3.2疾病3.3传输4诊断4.1症状诊断4.2微生物培养4.3显微镜4.4生化测试4.5基于PCR的诊断4.6宏基因组测序4.7测试指示5预防5.1免疫6治疗7流行病学7.1历史性的大流行病7.2新发疾病8历史8.1医学专家9社会与文化10化石记录11外层空间12注释和参考
分类
亚临床与临床（潜伏与明显）症状性感染是明显的和临床的，而活跃但不产生明显症状的感染可称为不明显，潜伏，亚临床或隐匿。无活动或休眠的感染称为潜伏感染。[6]潜伏细菌感染的一个例子是潜伏性结核病。一些病毒感染也可能是潜伏的，潜伏病毒感染的例子是来自疱疹病毒科的任何一种。感染这个词可以表示任何特定病原体的存在（无论多少），但也经常用于暗示临床表现的感染（换言之，传染病病例）。[7]这个事实偶尔会产生一些歧义或提示一些使用讨论。为了解决使用烦恼，健康专业人员通常会谈到殖民化（而不是感染），因为他们的意思是存在一些病原体，但没有临床上明显的感染（没有疾病）。不同的术语用于描述感染。首先是急性感染。急性感染是症状迅速发展的感染;它的过程既可以是快速的，也可以是长期的。接下来是慢性感染。慢性感染是症状逐渐发展，持续数周或数月，并且解决缓慢。亚急性感染是指在急性感染中症状需要更长时间发展但比慢性感染更快发生的感染。潜伏感染是一种可能在急性发作后发生的感染;有机体存在但症状不存在;一段时间后疾病可以再次出现。局灶性感染被定义为感染的初始感染部位，有机体通过血流进入身体的另一个区域[8]。
主要与机会主义
在众多微生物中，相对较少的微生物会引起其他健康个体的疾病。[9]传染病是由于这些少数病原体与它们感染的宿主的防御之间的相互作用所致。由任何病原体引起的疾病的外观和严重程度取决于该病原体破坏宿主的能力以及宿主抵抗病原体的能力。然而，宿主的免疫系统也可能对宿主本身造成损害，试图控制感染。因此，临床医生根据宿主防御的状态对感染性微生物或微生物进行分类-无论是作为主要病原体还是作为机会致病菌：
原发病原体
原发病原体由于它们在正常，健康的宿主中的存在或活动而引起疾病，并且它们的内在毒力（它们引起的疾病的严重程度）部分地是它们需要繁殖和传播的必然结果。许多人类最常见的原发性病原体仅感染人类，但许多严重疾病是由从环境中获得的生物体或感染非人类宿主引起的。
机会病原体
机会性病原体可以在宿主中引起传染性疾病，其具有抑制的抵抗力（免疫缺陷）或者如果它们具有异常进入身体内部（例如，通过创伤）。机会性感染可能是由通常与宿主接触的微生物引起的，例如胃肠道或上呼吸道中的病原菌或真菌，也可能是由其他宿主获得的（其他无害的）微生物引起的（如艰难梭菌结肠炎））或由于创伤性引入而导致的环境（如手术伤口感染或复合骨折）。机会性疾病需要损害宿主防御，这可能是由于遗传缺陷（如慢性肉芽肿病），接触抗菌药物或免疫抑制化学物质（中毒或癌症化疗后可能发生），暴露于电离辐射，或由于具有免疫抑制活性的传染病（如麻疹，疟疾或HIV疾病）。原发病原体也可能在宿主体内导致更严重的疾病，其抵抗力低于通常在免疫低效宿主中发生的[10]。
原发感染与继发感染
原发感染是当前健康问题的根本原因，或者实际上可以被视为当前健康问题的根本原因。相反，继发感染是根本原因的后遗症或并发症。例如，肺结核通常是原发感染，但仅仅因为烧伤或穿透性创伤（根本原因）允许异常进入深部组织而发生的感染是继发感染。原发病原体经常引起原发感染，并且还经常引起继发感染。通常机会性感染被视为继发感染（因为免疫缺陷或损伤是诱发因素）。
其他类型的感染
其他类型的感染包括混合，雌激素，医院和社区获得性感染。混合感染是由两种或多种病原体引起的感染。这方面的一个例子是阑尾炎，它是由脆弱拟杆菌和大肠杆菌引起的。第二种是雌激素感染。这种类型的感染是从医护人员传播给患者的感染。医院感染也是在医疗保健环境中发生的感染。医院感染是在住院期间获得的感染。最后，社区获得性感染是指从整个社区获得感染的感染。[8]
传染性与否
证明某种疾病具有“传染性”的一种方法是满足科赫的假设（首先由罗伯特科赫提出），该假设首先要求传染因子只能在患有该病的患者中识别，而不是在健康对照中，第二，感染传染因的患者也会患上这种疾病。这些假设首先用于发现分枝杆菌物种引起结核病。然而，由于道德原因，科赫的假设通常不能在现代实践中进行测试。证明它们需要用作为纯培养物产生的病原体对健康个体进行实验性感染。相反，即使是明显的传染病也不总是符合传染病标准;例如，梅毒梅毒螺旋体（梅毒螺旋体）不能在体外培养-但是这种生物体可以在兔睾丸中培养。纯化培养物来源于作为宿主的动物来源，而不是来源于来自平板培养的微生物时，不太清楚。流行病学，或研究和分析疾病发生的人，原因和地点，以及决定各种人群是否患有疾病的因素，是用于了解传染病的另一个重要工具。流行病学家可以确定人群中群体之间的差异，例如某些年龄组是否有更高或更低的感染率;生活在不同社区的群体是否更容易被感染;以及其他因素，如性别和种族。研究人员还可以评估疾病爆发是偶发性的，还是偶尔发生的;地方病，在一个地区发生稳定的常规病例;流行病，在一个地区迅速发生，异常多的病例;或流行病，这是一种全球流行病。如果传染病的原因未知，可以使用流行病学来帮助追踪感染源。
传染性
传染病有时被称为传染病，当它们通过与病人或其分泌物（例如流感）接触而容易传播。因此，传染病是传染病的一个子集，特别是感染性或易传播。其他类型的具有更专门的感染途径的传染病，传染病或传染病，例如载体传播或性传播，通常不被视为“具有传染性”，并且通常不需要对受害者进行医学隔离（有时被称为隔离）。然而，“传染性”和“传染性疾病”这个词的特殊含义（易传播性）在流行使用中并不总是受到尊重。传染病通常通过直接接触在人与人之间传播。接触的类型是通过人与人和液滴传播。间接接触，如空气传播，污染物体，食物和饮用水，动物接触，动物水库，昆虫叮咬和环境水库是传播传播疾病的另一种方式，[11]
通过解剖位置
感染可以通过感染的解剖位置或器官系统进行分类，包括：尿路感染皮肤感染呼吸道感染牙源性感染（源自牙齿或周围组织的感染）阴道感染羊膜腔内感染此外，感染最常见的炎症部位包括肺炎，脑膜炎和输卵管炎。
体征和症状
感染的症状取决于疾病的类型。一些感染迹象通常会影响整个身体，如疲劳，食欲不振，体重减轻，发烧，盗汗，发冷，疼痛和疼痛。其他人特定于个人身体部位，如皮疹，咳嗽或流鼻涕。在某些情况下，传染病可能在给定宿主的很多甚至全部过程中无症状。在后一种情况下，该疾病可能仅被定义为在与无症状携带者接触后继发病的宿主中的“疾病”（其定义为疾病）。感染并不是传染病的同义词，因为有些感染不会导致宿主患病。[10]
细菌或病毒
细菌和病毒感染都可能导致同样的症状。可能很难区分哪种是特定感染的原因。[12]区分是很重要的，因为抗生素无法治愈病毒感染。[13]
定植
嵌入式脚趾甲的感染;有脓（黄色）和由此产生的炎症（指甲周围发红和肿胀）。当有机体成功进入体内，生长并繁殖时，就会开始感染。这被称为植入。大多数人不容易被感染。那些身体虚弱，生病，营养不良，患有癌症或患有糖尿病的人对慢性或持续性感染的易感性增加。免疫系统受到抑制的个体特别容易受到机会性感染。宿主-病原体界面处的宿主入口通常通过口腔，鼻子，眼睛，生殖器，肛门等口腔中的粘膜发生，或者微生物可以通过开放性伤口进入。虽然少数生物可以在初始进入部位生长，但许多生物迁移并在不同器官中引起全身性感染。一些病原体在宿主细胞内生长（细胞内），而其他病原体在体液中自由生长。伤口定植是指伤口内的非复制微生物，而在受感染的伤口中，存在复制生物并且组织受损。所有多细胞生物都在某种程度上被外在生物定殖，其中绝大多数存在于与宿主的共生关系或共生关系中。前者的一个例子是厌氧细菌物种，其定殖在哺乳动物结肠中，后者的一个例子是存在于人体皮肤上的各种葡萄球菌。这些殖民化都不被认为是感染。感染和殖民化之间的区别通常只是环境问题。在特定条件下，非病原性生物可能变得致病，甚至最致命的生物也需要某些情况才能引起感染。一些定殖细菌，如棒状杆菌属。和草绿色链球菌，防止病原菌的粘附和定植，从而与宿主有共生关系，预防感染和加速伤口愈合。[17][18][19]该图描绘了致病性感染的步骤。宿主接种病原体的结果所涉及的变量和最终结果包括：病原体的进入途径和获得的宿主区域的进入特定生物的内在毒力初始接种物的数量或负荷被殖民者的免疫状态例如，几种葡萄球菌物种对皮肤无害，但是，当存在于通常无菌的空间中时，例如在关节囊或腹膜中，在没有阻力的情况下繁殖并造成伤害。近几十年来，气相色谱-质谱，16S核糖体RNA分析，组学和其他先进技术使人类更加明显的一个有趣的事实是，即使在人们认为几乎无菌的环境中，微生物定植也很常见。因为细菌定植是正常的，所以很难知道哪些慢性伤口可归类为感染以及存在多大的进展风险。尽管临床实践中存在大量伤口，但评估症状和体征的质量数据有限。“美国医学会杂志”的“理性临床检查系列”对慢性伤口的综述量化了疼痛增加作为感染指标的重要性。[20]该评价显示，最有用的发现是疼痛水平的增加[似然比（LR）范围，11-20]使感染更有可能，但没有疼痛（阴性似然比范围，0.64-0.88）不排除感染（摘要LR0.64-0.88）。
疾病
如果宿主的保护性免疫机制受到损害并且生物体对宿主造成损害，则可能出现疾病。微生物可通过释放各种毒素或破坏性酶而导致组织损伤。例如，破伤风梭菌释放出使肌肉麻痹的毒素，并且葡萄球菌释放出产生休克和败血症的毒素。并非所有感染因子都会引起所有宿主的疾病。例如，不到5％的脊髓灰质炎感染者会患上疾病。[21]另一方面，一些感染因子具有高毒性。导致疯牛病和Creutzfeldt-Jakob病的朊病毒总是杀死所有被感染的动物和人。持续性感染的发生是因为在初次感染后身体无法清除生物体。持续性感染的特征在于传染性生物的持续存在，通常是潜伏感染，偶尔复发活动性感染。有些病毒可以通过感染身体的不同细胞来维持持续感染。一些获得的病毒永远不会离开身体。一个典型的例子是疱疹病毒，它往往隐藏在神经中，并在特定情况出现时重新激活。持续感染每年导致全球数百万人死亡。[22]寄生虫的慢性感染导致许多不发达国家的发病率和死亡率很高。
传输
主要文章：传输（医学）南方蚊子（Culexquinquefasciatus）是一种传播导致西尼罗河热和禽疟疾等病原体的病媒。为了感染生物体以在其他宿主中存活并重复感染周期，它们（或其后代）必须离开现有的水库并在其他地方引起感染。感染传播可以通过许多潜在的途径进行：液滴接触，也称为呼吸途径，以及由此产生的感染可称为空气传播疾病。如果受感染的人在另一个人身上咳嗽或打喷嚏，悬浮在温暖潮湿的水滴中的微生物可能会通过鼻子，嘴巴或眼睛表面进入身体。粪-口传播，其中食物或水被污染（由人们在准备食物之前不洗手，或未经处理的污水被释放到饮用水供应中）以及吃和喝它们的人被感染。常见的粪-口传播病原体包括霍乱弧菌，贾第虫属，轮状病毒，溶组织内阿米巴，大肠杆菌和带虫。[23]大多数这些病原体引起肠胃炎。性传播，由此产生的疾病被称为性传播疾病口腔传播，主要通过口服方式传播的疾病可通过直接的口腔接触（例如接吻）或通过间接接触（例如共用饮用杯或香烟）来捕获。通过直接接触传播，一些可通过直接接触传播的疾病包括脚癣，脓疱病和疣车辆传输，由无生命的水库（食物，水，土壤）传播。[24]垂直传播，直接从母亲到胚胎，胎儿或婴儿在怀孕或分娩期间。当母亲在怀孕期间感染为并发疾病时，就会发生这种情况。医源性传播，由于注射或移植受感染材料等医疗程序。载体传播，由载体传播，载体是一种不会引起疾病本身但通过将病原体从一个宿主传播到另一个宿主而传播感染的生物体。[25]毒力与传染性之间的关系是复杂的;如果疾病迅速致命，宿主可能会在微生物传递给另一个宿主之前死亡。
诊断
传染病的诊断有时涉及直接或间接识别传染病。在实践中，大多数轻微的传染病如疣，皮肤脓肿，呼吸系统感染和腹泻疾病通过其临床表现来诊断并且在不知道特定病原体的情况下进行治疗。关于疾病原因的结论是基于患者与特定药剂接触的可能性，社区中微生物的存在以及其他流行病学考虑因素。经过充分的努力，可以特异性地识别所有已知的感染因子。然而，识别的好处往往被成本大大超过，因为通常没有特定的治疗，原因是显而易见的，或者感染的结果是良性的。传染病的诊断几乎总是由病史和体格检查引起的。更详细的鉴定技术涉及从患者分离的感染因子的培养。培养允许通过检查其微观特征，通过检测病原体产生的物质的存在，以及通过其基因型直接鉴定生物来鉴定传染性生物。其他技术（例如X射线，CAT扫描，PET扫描或NMR）用于产生由感染因子的生长引起的内部异常的图像。该图像可用于检测例如由朊病毒产生的骨脓肿或海绵状脑病。
症状诊断
任何患有传染病的个体都会出现症状，但通常需要额外的诊断技术来确认怀疑。一些迹象具有特征并且表明疾病，并且被称为特征性迹象;但这些很少见。并非所有感染都有症状。[26]在儿童中，紫绀，呼吸急促，外周灌注不良或瘀点性皮疹的存在使严重感染的风险增加5倍以上。[27]其他重要指标包括父母